Реализация муравьиного алгоритма фолдинга белков методами программных агентов в распределенных системах

Аннотация

Проблема фолдинга белков, связанная с поиском третичной структуры белка по его первичной аминокислотной последовательности, является важнейшей в структурной биологии. К сожалению, даже такая грубая модель, как HP-PFP-2, учитывающая только гидрофобные взаимодействия аминокислотных остатков на двумерной решетке, описывает NP-полную задачу. Она успешно решается только эвристическими методами глобальной оптимизации, например, муравьиным алгоритмом. В статье исследуются способы модификации и распараллеливания муравьиного алгоритма для задачи фолдинга белков. Подробно описана программная реализация параллельного муравьиного алгоритма с использованием программных агентов, на платформе JADE в грид-системах. Обсуждаются результаты вычислительного эксперимента