ИДЕНТИФИКАЦИИ ПОТЕНЦИАЛЬНЫХ ОБЛАСТЕЙ КОДИРОВАНИЯ БЕЛКОВ В ПОСЛЕДОВАТЕЛЬНОСТИ ДНК

Аннотация

Открытая рамка считывания -это последовательность ДНК, начинающаяся со старт-кодона и не содержащая в себе стоп-кодона, которая возможно кодирует белок. Программа ORF Finder (Open Reading Frame Finder) идентифицирует открытые рамки считывания (ORFs) на обеих цепях ДНК. Эта программа ищет открытые рамки считывания в геномной последовательности ДНК, которую вы вводите. При помощи программы ORF Finder вы можете идентифицировать открытые рамки считывания на обеих цепях ДНК. Ключевые слова: Открытая рамка считывания, стоп-кодон, старт-кодон, последовательность кодонов, белок, ORF Finder, генетический код, длинная рамка. Annotation: An open reading frame is a DNA sequence starting with a start codon and not containing a stop codon, which may encode a protein. The ORF Finder (Open Reading Frame Finder) program identifies open reading frames (ORFs) on both DNA strands. This program searches for open reading frames in the genomic DNA sequence that you are entering. Using the ORF finder program, you can identify open reading frames on both DNA strands. Keywords: Open reading frame, Stop Codon, Start Codon, Codon sequence, Protein, ORF Finder, Genetic Code, Long frame. Открытая рамка считывания (англ. Open Reading Frame, ORF) — это последовательность нуклеотидов в составе ДНК или РНК, которая способна кодировать белок. Отсутствие стоп- кодонов (в случае РНК — обычно UAA, UGA и UAG) на достаточно длинном участке последовательности после стартового кодона (в подавляющем большинстве случаев — AUG), считается основным признаком того, что на данном участке присутствует ORF. При определении рамки считывания применяются алгоритмы, которые учитывают такие различия как, отличие стартового и терминирующего кодонов от канонических, а также супрессию стоп-кодонов при трансляции у некоторых организмов. Наличие достаточно протяженной открытой рамки считывания, является знаком того, что в данном участке гена, может кодироваться некий полипептид. Важное и распространенное применение открытых рамок считывания (ORF) в предсказании генов является использование их в качестве доказательств. Длинные ORF часто используются вместе с другими доказательствами для первоначальной идентификации потенциальных областей кодирования белков или функциональных областей кодирования РНК в последовательности ДНК. В качестве индикаторов областей ДНК, предположительно кодирующих белки, можно использовать несколько характеристик. Одна из таких характеристик- достаточная длина открытой рамки считывания. В точном определении начала кодирующей последовательности может быть полезно также распознавание примыкающих последовательностей Козак (5’)- accaugg-(3’)- специфического нуклеотидного окружения старт- кодона. «Kozak sequence» названа, в честь Марилин Козак, которая открыла её [2]. Хорошим средством опознавания ORF в области, расположенной выше старт-кодона генов прокариотов, является обнаружение сайтов связывания рибосом (которые помогают направлять рибосомы к правильным позициям начала трансляции) [2]. Альтернативный сплайсинг у эукариот может привести к тому, что потенциальные продукты гена будут иметь разные длины, поскольку в конечной транскрибированной мРНК могут быть оставлены не все экзоны (хотя порядок расположения экзонов всегда сохраняется) [2]. adu.uz universaljurnal.uz 339 “ZAMONAVIY BIOLOGIYANING DOLZARB MUAMMOLARI VA RIVOJLANISH ISTIQBOLLARI” xalqaro ilmiy-amaliy anjuman materiallari Программа ORF Finder (Open Reading Frame Finder) идентифицирует открытые рамки считывания (ORFs) на обеих цепях ДНК. Доступ к ней можно получить по ссылке http://www.ncbi.nlm.nih.gov. Cкопируйте последовательность ДНК (о цифрах и пробелах можно не беспокоиться, программа их автоматически пропустит) в текстовое поле формы, в окошке выбора генетического кода выберите подходящий вам генетический код. Начало, конец и рамку для ORF длиннее 60 кодонов занесите в таблицу. Вы получите список обнаруженных открытых рамок. Шесть белых полосок в выдаче ORF Finder изображают исходную последовательность в шести возможных рамках считывания, в порядке +1, +2, +3 (прямая цепь), –1, –2, –3 (обратная цепь), а бирюзовые полоски — найденные в данной рамке ORFs. Щёлкните мышью найденную ORF, чтобы получить её более подробное описание. Длина ORF должна делиться на 3, а предположительная функция белка описана по-русски. Если одна рамка полностью содержится внутри другой, можно рассматривать только большую из них. Если нажать кнопку BLAST на страничке с подробным описанием рамки, можно найти программой blastp предположительные гомологи предсказанного гена. На открывшейся странице форматирования результатов в строке Show отметьте Advanced view, в строке Limit results выставите во всех трёх полях 50; (для начала) нажмите кнопку View report. Все белковые хиты будут расположены в порядке возрастания e-value. Чем меньше e-value, тем лучше. Значимыми можно считать хиты с e-value 20 нуклеотидов) одна подтверждается blast'ом, а другая нет, посл